A Contemar utiliza o sistema de autoclavagem a vapor (vapor de água saturado em alta pressão). Tal processo transforma o resíduo infectante, incluindo aí bolsas de sangue, em resíduo comum, por meio da esterilização total dos resíduos e trituração dos mesmos, atendendo plenamente as exigências da legislação Brasileira, com destaque para a RESOLUÇÃO DO CONAMA Nº358/05 E RDC ANVISA 306/05. É a forma mais limpa, segura e eficiente de tratamento, sendo inclusive a mais difundida na Europa e EUA.

Disposição Final
Após o tratamento os resíduos infectantes são enviados para aterro licenciado com redução de volume superior a 80 % como resíduos comuns, Já os resíduos químicos são enviados a sistema de incineração de alto nível.